พ.ศ.2465 จางวางโทพระยามหินทรเดชานุวัฒน์ สมุหเทศาภิบาลมณฑลนครชัยศรี ได้รวบรวมเงินบริจาค 15,800 บาท สร้างอาคารเรียนแบบ ป.2 เรือนปั้นหยา 2 ชั้น และรัชกาลที่ 6 พระราชทานนามชื่อโรงเรียนว่า
“มหินทรศึกษาคาร” ซึ่งมีชื่อทางการว่า โรงเรียนประชาบาลตำบลนครปฐม 1 มหินทรศึกษาคาร เมื่อวันที่
14 มิถุนายน 2465 จึงเป็นนิมิตมงคลถือเป็นวันก่อตั้งโรงเรียน โดยมีนายโสภณ (เฮง) ศุขหมอก เป็นครูใหญ่คนแรก
มีนักเรียนชาย 57 คน และอาคารเรียนหลังนี้ใช้เป็นที่เรียนถึง 41 ปี ได้รื้อถอนเมื่อ 6 มกราคม 2507           

                   16 เมษายน 2475 ทางราชการยุบโรงเรียนประชาบาลตำบลพระปฐมเจดีย์ (มหินทรสมานดรุณี) ซึ่งตั้งมาตั้งแต่ พ.ศ.2466 มีนักเรียนหญิงล้วน 136 คน มารวมกับโรงเรียนนี้

                   4 สิงหาคม 2479 ได้โอนไปสังกัดเทศบาลเมืองนครปฐม และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น โรงเรียนเทศบาล 1 มหินทรศึกษาคาร

                   พ.ศ.2486 ได้โอนกลับมาสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2488 โอนไปสังกัดเทศบาลเมืองนครปฐมอีก พ.ศ.2489 จึงได้โอนกลับมาสังกัดกระทรวงศึกษาธิการจนถึงปัจจุบัน

                   พ.ศ.2494 กระทรวงศึกษาธิการสั่งเปลี่ยนแปลงชื่อโรงเรียนต่างๆ ทั่วประเทศ โรงเรียนจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนวัดพระปฐมเจดีย์ (มหินทรศึกษาคาร)

                   พ.ศ.2503 สร้างอาคารเรียนแบบ 019 2 ชั้น 12 ห้องเรียน และต่อเติมจนเสร็จ พ.ศ.2506 ใช้งบทางราชการสมทบวัดพระปฐมเจดีย์และประชาชนบริจาค เป็นเงิน 438,800 บาท และได้รื้อถอนเมื่อ พ.ศ.2537 เพื่อใช้สถานที่สร้างอาคารเรียนตึก 3 ชั้น แบบ สปช. 2/28 (หลังที่ 1)

                   พ.ศ.2504 สร้างส้วมขนาด 8 ที่นั่ง มีที่ปัสสาวะ 15 ที่ 1 หลัง ใช้เงินโครงการ คพส. 17,500 บาท และได้
รื้อถอน เมื่อ พ.ศ.2537 เพื่อใช้สถานที่สร้างอาคาร สปช. 2/28 (หลังที่ 1)

                   1 เมษายน 2506 กระทรวงศึกษาธิการได้โอนโรงเรียนในสังกัดกรมสามัญศึกษา ที่ตั้งในเขตเทศบาลไปสังกัดเทศบาล แต่โรงเรียนนี้ไม่ได้โอนไป เพราะกรมสามัญศึกษาขอสงวนไว้เพื่อปรับปรุงงานวิชาการ

                   พ.ศ.2506 สร้างอาคารเรียนแบบ 019 2 ชั้น 10 ห้องเรียน ใช้งบประมาณ 399,950 บาท และได้รื้อถอนเมื่อ พ.ศ.2523 เพื่อใช้สถานที่สร้างอาคารเรียนตึก 4 ชั้น

                   พ.ศ.2507 วัดพระปฐมเจดีย์ยกอาคาร 2 ชั้น ครึ่งตึกครึ่งไม้ ซึ่งเป็นหอสมุดของวัดให้ ราคา 100,000 บาท และได้รื้อถอนเมื่อ พ.ศ.2523 เพื่อใช้สถานที่สร้างอาคารเรียนตึก 4 ชั้น 

                   1 ตุลาคม 2509 ทางราชการได้โอนการศึกษาประชาบาลไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัด แต่โรงเรียนนี้ไม่ได้โอนไป เพราะกรมสามัญศึกษาขอสงวนไว้เพื่อปรับปรุงงานวิชาการ

                   1 พฤษภาคม 2511 เปิดสอนชั้นประถมศึกษาตอนปลาย ป.5 – ป.7

                   พ.ศ.2514 รื้อถอนโรงอาหารเก่า และสร้างใหม่พร้อมห้องพักภารโรง เป็นเงิน 44,100 บาท และได้รื้อถอนไปเมื่อ พ.ศ. 2538 เพื่อใช้สถานที่สร้างอาคารเรียนตึก 3 ชั้น แบบ สปช. 2/28 (หลังที่ 2)

                   พ.ศ.2515 สร้างอาคารเรียนตึก 3 ชั้น แบบ 506 มี 15 ห้องเรียน ใช้งบทางราชการ 1,280,000 บาท และ พ.ศ.2517 ทาสีซ่อมใหม่ เป็นเงิน 149,714 บาท

                   1 ตุลาคม 2516 ได้รับแต่งตั้งตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนเป็น อาจารย์ใหญ่

                   พ.ศ.2520 เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 2 ห้อง ให้ขึ้นตรงต่อแผนกศึกษาธิการจังหวัดนครปฐม และในปีต่อมาทางราชการสั่งให้งดการสอน โดยย้ายนักเรียนที่เรียนจบชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ไปเรียนชั้นมัธยมศึกษา ปีที่ 2 โรงเรียนพระปฐมวิทยาลัย และโรงเรียนราชินีบูรณะ คงเปิดสอนชั้นเด็กเล็ก ถึง ป.6 ตามเดิม

                   29 มิถุนายน 2522 ได้รับแต่งตั้งตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนเป็น ผู้อำนวยการโรงเรียน

                   พ.ศ.2523 สร้างอาคารเรียน แบบตึก 4 ชั้น 16 ห้องเรียน ชั้นล่างโล่ง ใช้งบทางราชการ 4,000,000 บาท พร้อมทั้งรื้อถอนอาคารเรียน 2 หลังออก คือแบบ 019 และอาคารเรียนที่วัดยกให้ แล้วนำวัสดุไปสร้างอาคารเรียนชั่วคราว 12 ห้องเรียน ที่แนวต้นสนบริเวณสนาม ต่อมาได้รื้อถอนไปเมื่อ พ.ศ.2539

                   1 ตุลาคม 2523 โอนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ (สปช.)

                   พ.ศ.2526 สร้างต่อเติมอาคารเรียนตึก 4 ชั้น อีก 16 ห้องเรียน ทางด้านใต้ปีกซ้าย ใช้งบทางราชการ 3,200,000 บาท

                   พ.ศ.2527 สร้างส้วมแบบ สปช. 602/26 ขนาด 10 ที่นั่ง 1 หลัง ใช้งบประมาณ 90,000 บาท สมทบเงินบริจาค 30,000 บาท รวมเป็นเงิน 120,000 บาท

                   พ.ศ.2527 ซ่อมแซมอาคารเรียนตึก 3 ชั้น แบบ 506 ใช้งบ ส.ส. เป็นเงิน 150,000 บาท

                   พ.ศ.2527 จัดตั้งมูลนิธิโรงเรียนวัดพระปฐมเจดีย์ (ล้วนประชาอุปถัมภ์) “ม.พ.จ.”  มีทุนก่อตั้ง 300,000 บาท พร้อมต่อเติมชั้นล่างตึก 4 ชั้น เป็น หอประชุม ห้องสมุด ห้องดนตรี เป็นเงิน 150,000 บาท

                   พ.ศ.2528 พระครูพิพิธกิจจานุรักษ์ ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดพระปฐมเจดีย์ จัดสร้างบุษบกประดิษฐานพระพุทธรูป มอบให้ เป็นเงิน 50,000 บาท

                   25 พฤศจิกายน 2529 จัดงานทำบุญฉลองโรงเรียนที่จัดตั้งครบ 100 ปี ในงานวันประถมศึกษาแห่งชาติ     ตามคำสั่ง สปช.

                   14 มิถุนายน 2531 ได้จัดงานครบรอบวันก่อตั้งโรงเรียนเป็นปีแรก

                   พ.ศ.2532 คณะทายาท นายโสภณ (เฮง) ศุขหมอก อดีตครูใหญ่คนแรก ได้บริจาคสร้างต่อเติมอาคารเรียนตึก 4 ชั้น ที่มุขด้านหน้าปีกซ้าย – ขวา  8 ห้องเรียน  เป็นเงิน  2,000,000  บาท

                   พ.ศ.2536 พระราชสุธรรมเมธี บริจาคสร้างห้องปฏิบัติการทางภาษา 418,450 บาท และปรับปรุงห้องสมุดใหม่ 400,000 บาท

                   พ.ศ.2537 สร้างอาคารเรียน แบบ สปช. 2/28 จำนวน 3 ชั้น 15 ห้องเรียน โดยพระราชสุธรรมเมธี บริจาค 6,500,000 บาท สร้างเสร็จเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2538

                   พ.ศ.2539 สร้างอาคารเรียน แบบ สปช. 2/28 จำนวน 3 ชั้น 10 ห้องเรียน ชั้นล่างดัดแปลงเป็นโรงอาหาร โดยพระราชสุธรรมเมธีบริจาค 3,500,000 บาท นางชนิกา เทศดนตรี บริจาค 3,500,000 บาท รวมเป็นเงิน 7,000,000 บาท สร้างเสร็จเมื่อ 10 มิถุนายน 2540

                   พ.ศ.2539 รื้ออาคารเรียนชั่วคราวออก และเทปูนที่สนามหน้าโรงเรียน โดยพระราชสุธรรมเมธี บริจาคเป็นเงิน 1,500,000 บาท

                   พ.ศ.2540 สร้างห้องคอมพิวเตอร์ โดยใช้งบทางราชการ สมทบพระราชสุธรรมเมธีบริจาค เป็นเงิน 1,580,771 บาท สร้างห้องปฏิบัติการทางภาษา (ห้องที่ 2) ใช้งบทางราชการ 395,000 บาท ปรับปรุงห้องวิทยาศาสตร์ ใช้งบทางราชการ 240,000 บาท

                   พ.ศ.2541 จัดซื้อเตาเผาเซรามิค 1 ชุด โดยพระราชสุธรรมเมธี บริจาค 220,000 บาท

                   พ.ศ.2542 พระเทพปริยัติมุนี บริจาคสร้างห้องพระพุทธศาสนาและห้องผู้ช่วย 201,000 บาท ห้องดนตรีระบบคาราโอเกะ 139,595 บาท

                   พ.ศ.2544 ซ่อมแซมและทาสีใหม่อาคาร 1 (ตึก 4 ชั้น) โดยพระเทพปริยัติมุนี บริจาค 1,158,517 บาท สร้างห้องเวรยาม เป็นเงิน 112,695 บาท ซ่อมแซมส้วม แบบ สปช. 602/26 เป็นเงิน 89,677 บาท

                   พ.ศ.2545 ซ่อมแซมอาคารและห้องน้ำพร้อมติดตั้งไฟฟ้าใหม่ที่อาคาร 1 (ตึก 4 ชั้น) เป็นเงิน 518,246 บาท

                   พ.ศ.2546 สร้างห้องคอมพิวเตอร์ (ห้องที่ 2) ใช้เงินหาบริจาค 890,221 บาท และปรับปรุงจัดสร้างหอประชุมใหม่ โดยพระเทพปริยัติมุนี บริจาค 1,630,000 บาท

                   7 กรกฎาคม2546 โอนไปสังกัด สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตาม พ.ร.บ.ระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546

                   พ.ศ.2548 ซ่อมแซมและทาสีใหม่ อาคาร 2 (ตึกอำนวยการ) โดยพระธรรมปริยัติเวที บริจาค 445,081 บาท

                   พ.ศ.2549 สร้างอาคารเรียน ค.ส.ล. ทรงจั่ว 2 ชั้น 6 ห้องเรียน 8 ห้องน้ำ พร้อมห้องสวนสนุกบ้านบอล       ห้องร้านค้าสวัสดิการและอุปกรณ์ครุภัณฑ์ประจำห้อง โดยพระธรรมปริยัติเวที บริจาค 6,313,000 บาท

                   พ.ศ.2549 สร้างห้องสำนักงานผู้อำนวยการ พร้อมห้องน้ำและครุภัณฑ์ประกอบ ใช้เงินร้านค้าสวัสดิการ 470,910 บาท

                   พ.ศ.2549 สร้างเสาธงพร้อมฐานใหม่ ใช้เงินหาบริจาค 219,000 บาท

                   พ.ศ.2549 เทพื้นลานสนาม ค.ส.ล.บริเวณหน้าอาคาร 2 รอบเสาธง พื้นที่ 773 ตร.ม.โดยพระธรรมปริยัติเวทีบริจาค 582,750 บาท

                   พ.ศ.2549 สร้างโรงจอดรถของโรงเรียน ยาว 17 เมตร ลึก 6 เมตร ใช้เงินหาบริจาค 328,000 บาท

                   พ.ศ.2550 สร้างซุ้มโค้งหน้าหอประชุมทั้ง 2 ด้าน ที่อาคารเรียนตึก 4 ชั้น โดยพระธรรมปริยัติเวที บริจาค 919,072 บาท และจัดสร้างห้องสมุดอิเล็กทรอนิกส์ โดยพระธรรมปริยัติเวทีร่วมกับโรงเรียนหาเงินจัดสร้าง เป็นเงิน 1,830,392 บาท

                   พ.ศ.2550 จัดตั้งวงดนตรี โดยซื้อเครื่องเสียง เครื่องดนตรี ชุดเสื้อผ้าการแสดง เป็นเงิน 664,170 บาท โดยโรงเรียนหาเงิน 511,460 บาท ร่วมกับพระธรรมปริยัติเวทีบริจาค 152,710 บาท

                   พ.ศ.2550 สร้าง/ปรับปรุงห้องซาวด์แล็ป 2 ห้อง ใช้เงินหาบริจาค เป็นเงิน 627,903 บาท

                   พ.ศ.2551 สร้างห้องคอมพิวเตอร์ (ห้องที่ 3) เป็นเงิน 838,505 บาท โดยพระธรรมปริยัติเวทีบริจาค 656,450 บาท ร่วมกับโรงเรียนหาเงินสมทบ 182,055 บาท

                   พ.ศ.2551 ปรับปรุงห้องสมุด เป็นเงิน 434,700 บาท และ สร้างห้องกลุ่มงานบุคคล เป็นเงิน 98,406 บาท

                   พ.ศ.2533 ปรับปรุงห้องคอมพิวเตอร์ทั้ง 3 ห้อง เป็นเงิน 1,295,780 บาท โดยพระธรรมปริยัติเวทีบริจาค 582,000 บาท ร่วมกับโรงเรียนหาเงินสมทบ 713,780 บาท

                   พ.ศ.2553 ปรับปรุงต่อเติมขยายหอประชุม ใช้เงินรายได้สถานศึกษา เป็นเงิน 1,918,324 บาท

                   พ.ศ.2554 สร้างห้องคอมพิวเตอร์ (ห้องที่ 4) มีเครื่องคอมพิวเตอร์ 49  ชุด  ใช้งบประมาณ  1,081,660  บาท

                   พ.ศ.2555 สร้างรั้วโรงเรียนยาว  218  เมตร  พร้อมป้ายชื่อโรงเรียน  โดยพระธรรมปริยัติเวที บริจาค 2,100,000 บาท